Si l'on réfléchi dans une pure optique cyberpunk, les incohérences que tu cites ou des explications.

Déjà, il faut garder à l'esprit que derrière le perso dans le matrice, il y à juste un esprit qui manipule du code via sa psyché.
Il cracke la matrice en temps réel pour obtenir des effets hors règles établies.

A savoir que mes références sont les bouquins de Gibson, de Williams ainsi que Shadowrun.

Pour expliquer ce qui te turlupines, c'est simple, le fait de pouvoir utiliser un portable pour communiquer pourrait et ne sortir de la matrice qu'en utilisant une cabine téléphonique pourrait symboliser une différence de protocole de communication et/ou de type de noeud d'accès.
Voir de noeud d'accès qui ont été préalablement cracké pour permettres ce genre d'intrusion vu qu'une identification doit être faite pour insérer quelqu'un dans la matrice.

Pour la douleur et la mort, c'est expliqué par le terme de Biofeedback, c'est basiquement de l'induction éléctrique visant à te griller les neurones.

Ce que je crois aussi, c'est que les frères Wachowsky connaissent bien leur sujet mais que certains points sont un peut trop passer à la va vite pour ne pas laisser planer de doute sur leurs crédibilités.

Et le fait de ne plus avoir de balle dans son chargeur est du même acabit, Neo pourrait difficilement s'arranger pour modifier ses capacités perso et modifier un objet extérieur, ce qui doit somme toute, tel que je l'imagine être plus complexe en terme de "programmation", de modification de la matrice.

Tout ceci dit, ca n'enlève rien à ce que tu dis, il reste des incohérences et des flous artistiques assez grossiers mais le spectacle y est et c'est l'essentiel. 8o)

RaZ, qui rêve en héxa