Il est possible en effet de générer un fichier "plus propre" en faisant enregistrer sous plutôt que enregistrer

Il est possible aussi que le format DOCX soit plus facilement compatible (malgré son coté récent) avec les suites open source (présente et à venir) du fait de son format plus ouvert

En effet, un DOCX est en fait un fichier ZIP contenant des sous répertoires et fichiers XML décrivant le document, son format, ses schémas etc. C'est même une des principales raison du changement de DOC à DOCX (http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa338205%28v=office.12%29.aspx)

Les problèmes rencontrés avec le format DOC viennent essentiellement du fait qu'il est moins ouvert...

La réponse est peut être quelque part ici
http://www.formation-openoffice.fr/forum/sutra50246.html#50246

Enfin toujours avoir la dernière version des logiciels avec les patchs et mettre la mise à jour automatique en route est un moyen d'éviter les problèmes (hélas pas infaillible), de même que toujours faire une nouvelle copie quand on change de machine ou de logiciel pour modifier un document (par précaution, au cas où ça planterais)

C'est chiant, mais c'est comme ça.